Disciplinas
Ementa:
Matrizes; Sistemas lineares; Espaços vetoriais; Transformações lineares; Autovalores e autovetores; Formas canônicas e decomposições; Formas quadráticas; Espaços com produto interno; Operadores sobre espaços com produto interno; Formas bilineares; Normas de matrizes; Funções de matrizes; Aplicações de álgebra linear.
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- 1. Introduction to Linear Algebra - Strang, Willesley Cambridge Press, 2009
- 2. Algebra Linear - Hoffman, K. e Kunze, R., Editora Polígono SA, SP, 1971
- 3. Linear Algebra and Matrix Theory - Nering, E.D., John Wiley & Sons, 1970
- 4. The Theory of Matrices - Gantmacher, F.R., Chelsea, vol. 1, 1959
- 5. Linear Algebra and Its aplications - Strang, G. Harcourd Brace & Company ,1988
Ementa:
Algoritmos, Representação de algoritmos: portugol e fluxogramas; Programação de Computadores; Variáveis; Operadores; Expressões aritméticas e lógicas; Estruturas de controle: Repetição e Desvio Condicional; Programação Estruturada; Modularização de programas; Recursividade; Introdução às Estruturas de Dados; Vetores e Matrizes, Dados agregados; Manipulação de arquivos; Algoritmos de ordenação e busca ; Conceitos de Complexidade Computacional; Análise Assintótica.
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- 1. Estruturas de dados usando C, A. Tenenbaum, Y. Langsam, M. Augenstein. Editora Makron, 1995
- 2. Algoritmos, Teoria e Prática, T. H. Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest, C. Stein, Editora Campus, 2001
- 3. C++ Fundamentos e Prática, H. Schildt, Editora: Starlin Alta Consult, 2004
- 4. Programando em C Volume I: Fundamentos, Ulysses de Oliveira, Ciência Moderna, 2008.
Ementa:
Campos vetoriais; Rotacional de um campo vetorial; Divergente de um campo vetorial; Teoremas; Integrais de Vetores; Integrais de Linha; Integrais de Superfície e Integrais de Volume; Teorema da Divergência; Teorema de Stokes; Teoremas de Green e de Gauss; e Teorema das Integrais; Coordenadas Curvilíneas; Análise Tensorial.
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- 1. Cálculo Diferencial e Integral, Piskuonov, N. São Paulo. Mir Editora, 1968
- 2. Mathematical Methods for Physicists, Arfken, G. B.., Elsevier Editora, 2007
- 3. Mathematcal Physics, Butkov, E.., Addison-Wesley Publishing Company, 1978
- 4. Análise Vetorial, Spiegel, M. R.., Editora McGraw-Hill do Brasil, 1972
- 5. Vector Calculus, Jerrold E. Mardsen e Anthony J. Tromba, 5th Ed., Jhon Wiley, 2003
Ementa:
Análise e utilização/aplicação de ferramentas para Bioinformática; Sequenciamento; Processamento e análise de dados genômicos, transcriptômicos e proteômicos; Remontagem de fragmentos de DNA; Análise de estruturas genômicas, transcriptômicas e proteômicas; Busca e comparações de sequências em bancos de dados biológicos; Anotação de sequências; Alinhamento de sequências; Expressão gênica e Micro-arranjos; Análise e predição de estruturas proteícas; Análises Filogenéticas; Automatização de processamentos.
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- 1. LODHI, H. M.; MUGGLETON, S. H. Elements of computational systems biology. Wiley, 2010.
- 2. LESK, A. M. Introduction to bioinformatics. 3.ed. Oxford Univ. Press, 2008.
- 3. HAUBOLD, B.; WIEHE, T. Introduction to computational biology: an evolutionary approach. Birkhäuser Basel, 2007.
- 4. BISHOP, M.; RAWLINGSm C. J. DNA and protein sequence analysis: a practical approach. Oxford Univ. Press, 1997.
- 5. BAXEVANIS, A. D.; FRANCIS-OUELLETTE, B. F. (eds.) Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins. 3.ed. Wiley-Interscience, 2004.
- 6. GIBAS, C.; JAMBERK, P. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly Media, 2001.
- 7. MOUNT, D. W.; Bioinformatics: sequence and genome analysis. O'Reilly Media, 2001.
Ementa:
Propriedades de fluidos e de meios contínuos. Forças, tensões e propriedades de escoamentos. Tensões e deformações em fluidos. Equações de estado e constitutivas. Escoamentos: não-viscosos e viscosos. Escoamentos incompressíveis e compressíveis. Escoamentos laminares e turbulentos, com termos difusivos e de transporte convectivo. Teorema de Transporte de Reynolds. Resolução computacional das equações de Euler, Stokes e de Navier-Stokes. Aplicações a escoamentos clássicos: laminar em canal aberto, Poisseuilli, Couette. Condições numéricas de contorno. Condições de aderência, de não-aderência, turbulência em escoamentos. Equações constitutivas para fluidos não newtonianos puramente viscosos. Métodos computacionais para resolver problemas não lineares de escoamentos de fluidos não newtonianos e aplicações em metais líquidos; Polímeros e fluidos biológicos; Analogia com fluência em sólidos.
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- 1. Applied and Computational Fluid Mechanics - Post, S., 2009
- 2. Finite Element Methods for Flow Problems - Donea, J., Huerta, A., John Wiley and Sons, 2003
- 3. Incompressible Flow and the Finite Element Method - Gresho, P.M., Sani, R.L., John Wiley and Sons, 2000
- 4. Shock Waves and Reaction-Diffusion Equations - Smoller, J., Springer Verlag, 1994
- 5. Supersonic Flow and Shock Waves - Courant, R. e Friedrichs, K.O, Springer Verlag, Applied Mathematics Sciences, 1976
- 7. Numerical Simulation of Non-Newtonian Flow - Crochet, M.J.; Davies, A.R. e Walters, K., Elsevier Sciences Publ. Comp., 1984
Ementa:
O projeto de pesquisa: definição; Dimensões da elaboração do projeto; Estrutura do projeto científico; Levantamento bibliográfico; Delimitação do tema e do objeto de pesquisa; Objetivos; Questões norteadoras/hipóteses; Justificativa do trabalho científico; Abordagem e metodologia; Planejamento e cronograma; Normas ABNT.
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- 1. Elaboraçao De Projetos - Da Introduçao A Conclusao; Maria A. Consalter, IBPEX, 2006.
- 2. Manual de elaboração de projetos de pesquisa; Maria Moura, Maria Ferreira e Patrícia Paine, Rio de Janeiro, Ed. UERJ, 1998.
- 3. Metodologia científica: a construção do conhecimento, Antônio R. dos Santos, Rio de Janeiro, DP&A, 1999.
- 4. Metodologia científica: caderno de textos e técnicas, Leda M. Huhne (org), 7ed. Rio de Janeiro, Agir, 2000.
Ementa:
Existência e unicidade; Equações diferenciais lineares; Soluções clássicas e transformadas; EDO com coeficientes constantes; EDO coeficientes variáveis; Sturm Liouville; Análise espectral; Teoria qualitativa; Espaço de fase; Equações não lineares; Singularidades, estabilidade, bifurcação.
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- 1. Ordinary Differential Equations - Tenenbaum, M., Pollard, H., Dover Publications, 1995
- 2. Lições de Equações Diferenciais Ordinárias - Sotomayor, J., , Projeto Euclides, IMPA, 1979
- 3. Nonlinear Differential Equations and Dynamical Systems - Verhulst, F., Springer, 1997
- 4. Equações Diferenciais Elementares e Problemas de Valores de Contorno - Boyce DiPrima, LTC, 2002
Ementa:
Conceitos fundamentais da matemática das equações diferenciais parciais; Soluções clássicas das equações de primeira e segunda ordem; Características; Teorema de Cauchy-Kovalevskaya; Leis de conservação e choques; Princípio de máximo para equações elípticas; Problema de Dirichlet; Noções de distribuição; Teoremas de convolução; Transformadas; Aplicação das transformadas de Laplace e Fourier na solução de EDP; Função de Green; Operadores diferenciais, análise espectral, simetria e operadores auto-adjuntos; Equações elípticas; Equações de evolução: parabólicas e hiperbólicas; Aplicações a problemas de condução e difusão, dinâmica dos fluidos e propagação de ondas.
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- 1. Partial Differential Equations for Scientists and Engineers - Farlow, S.J., Dover Publications, 1993
- 2. An Introduction to Partial Differential Equations - Renardy, M. e Rogers R., Springer, 1993
- 3. Análise de Fourier e Equações Diferenciais Parciais - Figueiredo, D., Projeto Euclides, IMPA
- 4. Partial Differential Equations - John, F., 4ed, Springer, 1982
- 5. Elliptic Partial Differential Equations of Second Order - Gilbarg, D. e Trundiger, N.S., 2ed, Springer, 1983
Ementa:
Radiações Ionizantes: Conceitos Básicos, radioatividade, decaimento, fontes de radiação. Espectros energéticos. Diagrama de níveis. Secção eficaz. Interação das Radiações com a Matéria. Detecção das radiações; detectores gasosos, cintilantes e semicondutores. Grandezas e unidades na Dosimetria e Proteção Radiológica. Sistemas de limitação de dose. Efeitos Biológicos das Radiações. Dosimetria interna e externa. Micro-dosimetria. Física do transporte de Radiações no meio. Blindagens. Elementos de códigos de simulação de transporte de radiações.
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- 1. Física das Radiações, Okuno E. e Yoshimura E. M., Ed. Oficina de Textos. SP 2010.
- 2. Radiation Detection and Measurement, Glenn F. Knoll. New York, Ed. John Wiley & Sons, Inc, 2000.
- 3. Introductory Nuclear Physics, K. S. Krane, John Wiley and Sons, New York, 1988.
- 4. Principles of Radiation Protection, Morgan, K.Z. and Turner, J.E. New York, Ed. Krieger Pub Co, 1973.
- 5. Introduction to Radiological Physics and Radiation Dosimetry, Attix, F.H., New York, Ed. John Wiley & Sons, Inc, 1986.
Ementa:
Revisão de alguns conceitos da física nuclear; Reações nucleares; Sessões de choque microscópicas e macroscópicas; Fissão nuclear; Moderação de nêutrons; Teoria das dimensões críticas; Fórmula dos quatro fatores; Fator de multiplicação efetivo; Reatores nucleares de fissão; Fusão nuclear; Reatores nucleares de fusão.
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- 1. Nuclear Reactor Physics - Weston M. Stacey, Wiley Interscience; 1st Edition, 2001
- 2. Introduction to Nuclear Engineering - John R. Lamarsh e Anthony J. Baratta, Prentice Hall; 3rd edition, 2001
- 3. Nuclear Reactor Analysis - Duderstadt J.J. e Hamilton L.J., John Wiley & Sons, New York, 1976
- 4. Introdução a Física Nuclear - K. C. Chung, EdUERJ, 2001
- 5. Principles of Fusion Energy - A. A. Harms, K. F. Shoepf, G. H. Miley, D. R. Kingdon, Wolrd Scientific, 2005
- 6. Plasma Physics and Fusion Energy - Jeffrey Friedberg, Cambridge, 2004.
Ementa:
Seqüência e series; Convergência; Aproximação de funções; Série de Taylor; Equações diferenciais ordinárias e aplicações em modelagem; Transformada de Laplace; Série de Fourier; Soluções assintóticas; Transformada de Fourier; Convolução; Transformada inversa.
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- 1. Introdução aos Métodos de Matemática Aplicada - Edmundo C. de Oliveira e Jose E. Maiorino, Unicamp, 2003
- 2. Advanced Engineering Mathematics - Erwin Kreyzig, Jhon Wiley, 2005
- 3. Equações Diferenciais com Aplicações em Modelagem - Dennis G. Zill, Thomson Learning, SP, 2003
- 4. Mathematical Methods in the Physical Sciences - Boas, M.L., John Wisley & Sons, NY, 1983
- 5. Elementary Differentions Equations and Boundary Value Problems - Boyce, W. e di Prima, R., J. Wisley, NY, 1986
- 6. Boundary and Eigenvalue Problems in Mathematical Physics - Sagan, H., Dover Publications, NY, 1961
Ementa:
O projeto de pesquisa: definição; Dimensões da elaboração do projeto; Estrutura do projeto científico; Levantamento bibliográfico; Delimitação do tema e do objeto de pesquisa; Objetivos; Questões norteadoras/hipóteses; Justificativa do trabalho científico; Abordagem e metodologia; Planejamento e cronograma; Normas ABNT.
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- 1. Elaboraçao De Projetos - Da Introduçao A Conclusao; Maria A. Consalter, IBPEX, 2006.
- 2. Manual de elaboração de projetos de pesquisa; Maria Moura, Maria Ferreira e Patrícia Paine, Rio de Janeiro, Ed. UERJ, 1998.
- 3. Metodologia científica: a construção do conhecimento, Antônio R. dos Santos, Rio de Janeiro, DP&A, 1999.
- 4. Metodologia científica: caderno de textos e técnicas, Leda M. Huhne (org), 7ed. Rio de Janeiro, Agir, 2000.
Ementa:
Aproximação polinomial: Série de Taylor; Interpolação splines; Mínimos quadrados; Métodos de determinação de raízes; Integração numérica; Resolução de sistemas lineares de equações algébricas; Problemas de autovalor; Resolução de sistemas de equações algébricas não lineares; Linearização de sistemas de equações.
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- 1. Introduction to Numerical Methods - Epperson, J.F., Wiley Interscience, 2007
- 2. Numerical Methods for Scientists and Engineers - Anttia, H.M.,Hindustan Book, 2002
- 3. Analises Numérica - Richard L. Burden e J. Douglas Faires, Thomson Learning, 2008
- 4. Numerical Methods for Engineers and Scientist - Joe D. Hoffman, Taylor and Francis, 2001
Ementa:
Equações diferenciais ordinárias: Método de Euler, Método H, Métodos multi-step e Runge-Kutta; Aplicações de EDO em modelagem; Esquemas de diferenças finitas: Operadores de diferenças; Aplicações: Problemas de equilibrio; Problemas de propagação e Problemas de Autovalor; Estabilidade e Convergência.
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- 1. A First Course in the Numerical Analysis of Differential Equations - Iserles, A ., Cambridge University Press, 1966
- 2. Equações Diferenciais com Aplicações em Modelagem - Dennis G. Zill, Thomson Learning, 2003
- 3. Numerical Methods for Engineers and Scientists - Joe D. Hoffman, Taylor & Francis, 2001
- 4. An Introduction to Numerical Methods and Analysis - James F. Epperson, Wiley & Sons, 2007
Ementa:
Sistemas biológicos; Padrões e processos biológicos; Evolução e morfogênese; Modelos populacionais discretos e contínuos; Dinâmica de populações; Interação entre populações; Modelos epidemiológicos; Modelagem de sistemas fisiológicos; Sistemas Imunes; Simulação computacional de modelos biológicos.
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- report Elegível: Não
- 1. KLIPP, E.; LIEBERMEISTER, W.; WIERLING, C.; KOWALD, A.; LEBRACH, H.; HERWIG, R. Systems biology: a textbook. Wiley-VCH, 2009.
- 2. SCHWARTZ, R. Biological modeling and simulation: a survey of practical models, algorithms, and numerical methods. MIT Press, 2008.
- 3. DEUTSCH, A.; BRUSCH, L.; BYRNE, H.; DE VRIES, G.; HERZEL, H. (Eds.) Mathematical modeling of biological systems. Vol I. Birkhäuser Boston, 2007.
- 4. DEUTSCH, A.; DE LA PARRA, R. B.; BOER, R. J.; DIEKMANN, O.; JAGERS, P.; KISDI, E.
- 5. KRETZSCHMAR, M.; LANSKY, P.; METZ, H. (Eds.) Mathematical modeling of biological systems. Vol II. Birkhäuser Boston, 2007.
- 6. MURRAY, J. D. Mathematical biology: I. an introduction. 3.ed. Springer, 2007.
Ementa:
Métodos determinísticos: A teoria da difusão; Métodos numéricos aplicados a problemas de difusão; A equação de transporte de Boltzmann; Aproximação de ordenadas discretas Sn; Métodos numéricos para a formulação Sn; Cinética de reatores nucleares; Métodos numéricos aplicados à cinética de reatores nucleares. Métodos probabilísticos: Amostragem: princípios básicos, técnicas de rejeição, esquemas de amostragem, importância para amostragens; Splitting e Roleta Russa; Transformação exponencial, Exatidão dos resultados por Monte Carlo; Equação de transporte: abordagem integral, Mecânica da Simulação do transporte de partículas; Amostragem de eventos de colisão, Equações adjuntas, Monte Carlo multi-grupo.
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- report Elegível: Não
- 1. Nuclear Reactor Analysis - Duderstadt J.J. e Hamilton L.J., John Wiley & Sons, New York, 1976
- 2. Computational Methods of Neutron Transport - Lewis E.E. e Miller W.F.Jr., American Nuclear Society, Illinois 1993
- 3. Transport Theory - Duderstadt J.J. e Martin W.R., John Wiley & Sons, New York, 1979
- 4. Introduction to Nuclear Engineering - John R. Lamarsh, Anthony J. Baratta, Prentice Hall; 3rd edition, 2001
- 5. Parametric estimates by the Monte Carlo Method - Mikhailov G.A., The Netherlands, VSP, 1999
- 6. Computational methods in engineering and science: with applications to fluid dynamics and nuclear systems - Nakamura S., California University, Wiley, 1977
- 7. Monte Carlo particle transport methods: neutron and photon calculations, Lux I., Koblinger L., Michigan University, CRC press, 1991
- 8. Fundamentos da Física de nêutrons, Zamboni C. B., São Paulo, Livraria da Física, 2007.
Ementa:
Caracterização e amostragem de sinais. Análise de Fourier de Sinais Discretos (DTF e FFT). Análise espectral. Filtragem digital. Exercícios práticos em computador. Fundamentos e Aquisição da imagem digital; Transformações de intensidade, filtragem espacial e filtragem no domínio da frequência; Compreensão de imagens; Extração de características, representações e descrições de imagens.
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- report Elegível: Não
- 1. Digital Signal Processing - Oppenheim, A.V. e Schafer, R.W., Prentice-Hall, 1975.
- 2. Digital Signal Processing: Principles, Algorithms and Applications - Proakis, J.G. e Manolakis, D.G., 3rd edition, Prentice-Hall, 1987.
- 3. Discrete-time Signal Processing - Oppenheim, A.V. e Schafer, R.W., Prentice-Hall, 1989.
- 4. Processamento de Imagens Digitais - Rafael C. Gonzales & Richard E. Woods, Longman do Brasil, 3ª Edição - 2010.
- 5. Biomedical Signal and Image Processing, Kayvan Najarian, Robert Splinter, CRC/Taylor & Francis, 2006.
- 6. Fundamentals of Digital Image Processing, Anil K. Jain, Prentice-Hall - 1989.
Ementa:
Arquitetura de computadores voltados para programação paralela: Arquitetura Flynn; UMA, NUMA, CC-NUMA; Clusters – Grids; Arquiteturas Massivamente Paralelas. Medidas de desempenho utilizadas em programação paralela: tomadas de tempo, rendimento, speedup. Paradigma de memória compartilhada: conceitosbásicos e genéricos, semáforos, exclusão mútua, sincronização, dependencia de dados, laço paralelo; Sintaxe OpenMP; Técnicas específicas e básicas de OpenMP. Paradigma de memória Distribuída: apresentação do padrão MPI; Sintaxe Básica do MPI Send, Recv; Operações Coletivas; I/0 paralela usando MPI-II. Programação hibrida: Exemplos de aplicação. Tecnicas avançadas de programação paralela: Novos tipos de dados e packing em MPI; Comunicadores em MPI; Topologias em MPI. Ferramentas utilizadas para programação paralela: Sun Studio, debugging para deteção de corrida; Vampire. Programação paralela com GPU: princípios básicos; a extensão CUDA; sintaxe e aplicações básicas.
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- 1. William Gropp, Ewing L. Lusk and Anthony Skjellum; Using MPI - 2nd Edition: Portable Parallel Programming with the Message Passing Interface (Scientific and Engineering Computation); MIT Press; 1999.
- 2. Peter S. Pacheco; An Introduction to Parallel Programming; Elsevier; 2011.
- 3. Barbara Chapman, Gabriele Jost and Ruud van van der Pas; Using OpenMP: Portable Shared Memory Parallel Programming; MIT Press; 2007.
- 4. Rohit Chandra, Ramesh Menon, Leo Dagum and David Kohr; Parallel Programming in OpenMP; Jhon Wiley, 2000.
- 5. Fayez Gebali; Algorithms and Parallel Computing; Jhon Wiley & Sons, 2011.
- 6. Jason Sanders e Edward Kandrot; CUDA by Example: An Introduction to General-Purpose GPU Programming; Addison-Wesley; 2010.
- 7. David B. Kirk e Wen-mei W. Hwu; Programming Massively Parallel Processors: A Hands-on Approach; Morgan Kaufmann, 2010.
Ementa:
O projeto de pesquisa: definição; Dimensões da elaboração do projeto; Estrutura do projeto científico; Levantamento bibliográfico; Delimitação do tema e do objeto de pesquisa; Objetivos; Questões norteadoras/hipóteses; Justificativa do trabalho científico; Abordagem e metodologia; Planejamento e cronograma; Normas ABNT.
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- 1. Elaboraçao De Projetos - Da Introduçao A Conclusao; Maria A. Consalter, IBPEX, 2006.
- 2. Manual de elaboração de projetos de pesquisa; Maria Moura, Maria Ferreira e Patrícia Paine, Rio de Janeiro, Ed. UERJ, 1998.
- 3. Metodologia científica: a construção do conhecimento, Antônio R. dos Santos, Rio de Janeiro, DP&A, 1999.
- 4. Metodologia científica: caderno de textos e técnicas, Leda M. Huhne (org), 7ed. Rio de Janeiro, Agir, 2000.
Ementa:
A definir pelo professor da disciplina.
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- A definir pelo professor da disciplina.
Ementa:
A definir pelo professor da disciplina.
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- A definir pelo professor da disciplina.
Ementa:
Introdução a Visualização Científica, Conjunto de Dados, Técnicas de Visualização Científica, Metodologia para Entendimento da Visualização Científica, Interação com Visualizações, Mineração de Dados e Visualização Científica.
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- 1. The craft of information visualization: readings and reflections, Benjamin B. Bederson e Ben Shneiderman, Morgan Kaufmann Publishers, 2003.
- 2. Information visualization: design for interaction (Second Edition), Robert Spence Pearson Education Limited, 2007.
- 3. Information Visualization: Human-Centered Issues and Perspectives, Kerren, A.; Stasko, J.; Fekete, J.-D.; North, C. (Eds.), Springer.
- 4. Information visualization: beyond the horizon, Chaomei Chen, Springer- Verlang London Limited, 2006.
- 5. Readings in information visualization: using vision to think, Stuart K. Card,Jock D. Mackinlay, Ben Shneiderman, Academic Press, 1999.